Estudian la variabilidad genética del SARS-CoV-2 en España durante los dos primeros años de la pandemia

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CIBER/ IRYCIS | viernes, 22 de julio de 2022

Un nuevo trabajo liderado por África Holguín, investigadora del CIBERESP en el Instituto de Investigación IRYCIS revela cómo ha evolucionado el virus SARS-CoV-2, causante del COVID-19, en España durante los dos primeros años de la pandemia (febrero de 2020-enero 2022).

Durante el periodo de estudio, seis linajes principales se extendieron con éxito en España entre 2020 y 2022: A.2, B.1, B.1.177, B.1.1.7 (Alpha), B.1.617.2 (Delta) y B.1.1.529 (Omicron) con distinta presencia en las diferentes Comunidades Autónomas. La Dra. Holguín, junto a sus colaboradores la Dra Paloma Troyano-Hernáez y el experto en bioinformática Roberto Reinosa, han llevado a cabo el estudio más completo hasta la fecha sobre la variabilidad genética de las 26 proteínas del SARS-CoV-2, realizado con más de 70.000 secuencias de pacientes procedentes de todas las Comunidades Autónomas de España. Los resultados permiten comprender mejor la evolución viral y la identificación de regiones esenciales para el virus que pueden ser elegidas como potenciales dianas diagnósticas terapéuticas y vacunales.

El análisis se llevó a cabo con un programa informático (EpiMolBio) diseñado en el propio laboratorio, el Laboratorio de Epidemiología Molecular del VIH del Instituto Ramón y Cajal para la Investigación Sanitaria (IRYCIS) y Servicio de Microbiología del Hospital Universitario Ramón y Cajal de Madrid. Este programa es capaz de analizar mutaciones en más de 100.000 secuencias de cualquier patógeno o proteína de interés, y ha sido ya empleado para el análisis de secuencias de SARS-CoV-2 de la pandemia global

En las más de 70.000 secuencias de SARS-CoV-2 disponibles, la frecuencia global de mutación fue de 1,24x10-5, con una elevada conservación media (>99%), siendo las proteínas no estructurales las más conservadas. Algunos de los cambios detectados estaban relacionados con evasión del sistema inmune, mientras otros se asociaban a un aumento de infectividad viral.  Solo se detectó una secuencia con una deleción en uno de los residuos de la proteasa viral principal que participan en la unión al inhibidor de la proteasa Paxlovid, recientemente recomendado por la OMS para el tratamiento de pacientes con enfermedad leve o moderada y en riesgo de hospitalización.

Artículo de referencia: 

Troyano-Hernáez, P.; Reinosa, R.; Holguín, Á. Evolution of SARS-CoV-2 in Spain during the First Two Years of the Pandemic: Circulating Variants, Amino Acid Conservation, and Genetic Variability in Structural, Non-Structural, and Accessory Proteins. Int. J. Mol. Sci. 2022, 23, 6394. https://doi.org/10.3390/ijms23126394

Más información sobre la investigación del grupo de la Dra. Holguín en http://www.quecumplanmuchosmas.com/

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